Apesar de exercerem um papel fundamental para frear o avanço de estradas, as APs não impedem que esses vetores causem danos no entorno e dentro dessas áreas.
Há quatro anos a Reserva Extrativista Chico Mendes se mantém na lista das dez áreas protegidas mais ameaçadas da Amazônia. Em 2012, a resex ocupava a segunda colocação no ranking então liderado pela Floresta Nacional do Jacamim, no Pará.
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O Instituto do Homem e Meio Ambiente da Amazônia (Imazon), mapeou uma forte ameaça às áreas protegidas: a construção desordenada de estradas na região Norte está ameaçando e pressionando fortemente essas unidades. Apesar de exercerem um papel fundamental para frear o avanço de estradas, as APs não impedem que esses vetores causem danos no entorno e dentro dessas áreas. O Imazon identificou e mapeou estradas não oficiais em APs da Amazônia com maior ameaça e pressão a partir dos alertas de desmatamento do Sistema de Alerta de Desmatamento com dados de 2015 a 2016 para fazer o ranking das mais ameaçadas. O desmate é o grande problema no entorno a partir das estradas clandestinas.